Die Pfarrei Bruder Klaus verdankt ihre Existenz dem Weitblick und der Initiative von Pfarrer Basilius Vogt von der Kirchgemeinde Liebfrauen.

Das Quartier Milchbuck bestand 1921 noch aus Wies- und Ackerland, wurde dann aber 1926 als Wohnquartier erschlossen. Mit dem Zuzug vieler neuen Einwohnern war die Notwendigkeit eines religiösen Zentrums in diesem aufstrebenden Quartier gegeben. Der grösste Teil der heutigen Pfarrei Bruder Klaus gehörte damals zur Kirchgemeinde Liebfrauen, ein kleinerer Teil zu Oerlikon.

1928 erging Auftrag und Planung der Kirche an den Architekten Anton Higi, der nach damaliger Zeit zusammen mit weiteren Künstlern ein modernes Werk konzipierte. Das Areal Winterthurerstrasse 135 wurde erworben.

Die Finanzierung gestaltete sich sehr aufwändig, mussten doch die Gelder „zusammen gebettelt“ werden. Kirchliche oder staatliche Geldquellen gab es keine.

Am 1. April 1927 teilte der Kirchenanzeiger von Liebfrauen offiziell mit: „Die neuzubauende Kirche wird eine Bruderklausenkirche sein“. Da das Kirchenrecht die Weihe einer Kirche auf den Namen eines Seligen ohne ausdrückliches Privileg nicht gestattete, war der Bischof von Chur, Georgius Schmid von Grüneck, genötigt, in Rom ein entsprechendes Gesuch zu stellen. Seine bitte erreichte nichts. Es bedurfte schon eines Gesuches aller Schweizer Bischöfe, um das erwähnte Privileg zu erhalten. Das Schreiben, worin Papst Pius XI. der Pfarrei Liebfrauen gestattete, die neue Kirche nach dem Namen des seligen Bruder Klaus zu nennen, wurde im Kirchenanzeiger vom Februar 1928 veröffentlicht. Es war die erste Bruder-Klaus-Kirche der Welt.