Neben der Kirchenpflege ist die Pfarrkirchenstiftung ein zweites Verwaltungsgremium in unserer Pfarrei. Das hängt mit der Geschichte zusammen, denn bis zur 1963 erfolgten öffentlich-rechtlichen Anerkennung der Katholiken im Kanton Zürich waren die katholischen Pfarreien rein privatrechtlich als Stiftungen organisiert. Die Stiftung sorgte für den Unterhalt der Liegenschaften und die Besoldung von Pfarrer und Angestellten. Mit der Gründung von öffentlich-rechtlichen Kirchgemeinden und der Kirchenpflege als deren Exekutivorgan ist der Grossteil dieser Aufgaben an diese übergegangen. Nach wie vor ist die Stiftung aber Besitzerin jener Vermögensteile, die bereits vor 1963 vorhanden waren, das sind im Fall der Pfarrei Bruder Klaus das Kirchengebäude und das alte Pfarrhaus an der Winterthurerstrasse.

Die Stiftung hat heute zwei Hauptaufgaben:
zum einen übernimmt sie die nötigen Anschaffungen für rein gottesdienstlich-liturgische Zwecke, zum zweiten finanziert sie sozial-caritative Aufgaben innerhalb der Pfarrei.

Organ der Stiftung ist der Stiftungsrat, der aus drei bis sieben Mitgliedern besteht. Von Amtes wegen gehören ihm der Pfarrer als Präsident an, die anderen Mitglieder werden vom Bischof ernannt. Derzeitige Mitglieder des Stiftungsrates sind: Pfr. Martin Burkart (Präsident), Daniel Hug (Rechnungsführer), André Zenklusen, Beatrice Elsener, Laura Rees und Marcel Kreuzer.